BIREME-Infomed-2011

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Reunião Técnica BIREME+Infomed

São Paulo, 25 a 29 de julho de 2011

Objetivo

Revisar el estado de la cooperación técnica BIREME-INFOMED como centro colaborador de OPS/OMS y el plan de trabajo para el próximo BIENIO para el desarrollo de la BVS.

Participantes

Infomed

  • Ing. Carlos Manuel Reyes - Vicedirector Técnico
  • Ing. Victor Ricardo Díaz.- Jefe del Dpto. de desarrollo de sistemas

BIREME

  • Renato Murasaki, gerente MTI
  • Adalberto Tardelli, gerente AFI
  • Luciano Ramalho, supervisor MTI/DES
  • Marcos Mori, supervisor MTI/RST
  • Gustavo Fonseca, analista MTI/DES
  • Antonio Alves, analista MTI/DES
  • Vinicius Andrade, analista SCI/AWS
  • ...


Temas

Sugestões de Infomed

1. Portabilidad del Portal de la BVS a diferentes plataformas y CMS

1.0. Experiencia de INFOMED usando DRUPAL.

1.1. Montaje del BVSsite en DRUPAL utilizando la funcionalidad que tiene este CMS de flujos de trabajo, manejo de usuarios y manejo de contenido. Creación de los flujos de trabajo necesarios en DRUPAL.

1.1.1. Instalar cualquier servicio de la BVS con couchdb y DRUPAL con dos módulos, uno de búsqueda y recuperación y otro de edición y administración.

1.2. Maqueta funcional del BVSsite en DRUPAL con los siguientes componentes:

1.2.1. Modulo de búsqueda para recuperar un tipo de documento (Serie Monográfica) de una base couchdb.

1.2.2. Modulo de edición con la funcionalidad de editar un tipo de documento (Serie Monográfica) de una base couchdb.

1.2.3. Modulo de menú de DRUPAL con formato del BVSsite.

1.3. Experiencia de INFOMED en la creación de sitios de Especialidades y Temáticos del Portal de Infomed.

1.4. Revisar el desarrollo tecnológico que tendrá en el futuro el BVSsite. Coordinación con el grupo de desarrollo de BIREME para el desarrollo de un módulo para adaptar la estructura visual del BVSsite en DRUPAL.

2. Interoperación entre CMS para integrar a las plataformas de respaldo de la BVS

2.0. Plataformas de respaldo: Drupal, CWIS, DSPACE, Eprints, Greenstone y otras. Experiencia de INFOMED mediante implementaciones concretas.

2.1. Revisar la disponibilidad como servicio con protocolos estándares tales como XML-RPC, SOAP y otros para la búsqueda y recuperación de información en las herramientas de BIREME tales como IAH, DECS, LIS, Scielo, etc.

2.2.Aplicaciones desarrolladas por INFOMED integradas a la BVS. Los infomodulos de DRUPAL desarrollados por INFOMED para la interoperación con las plataformas de la BVS y la red de portales de INFOMED.

3. ISIS y sistemas de gestión de bases de datos no relacionales

3.0. Experiencia de BIREME - INFOMED.

3.1. Experiencia de BIREME con CouchDB. Actualización de los resultados de las pruebas de rendimiento realizadas por BIREME y la migración de las bases de datos ISIS a couchdb.

3.2. Analizar la réplica de las bases en couchdb, problemas de rendimiento, arquitectura técnica de replica nacional con las instituciones de salud, bibliotecas y replica internacional con centros colaboradores.

3.3. Revisar la recuperación en las bases couchdb y quien lo hace en lugar del IAH, trabajar en el modulo de búsqueda en DRUPAL que busca en todas las fuentes ISIS, sustitución de de los web services xml-rpc para encuestar estos servicios JSON.

3.4. Crear la aplicación de escribir y modificar el contenido en couchdb para sustituir el LIBDBI-WEB.

3.5. Revisión de la interfaz del LIBDBI-WEB, revisar propuesta de modificaciones de la interfase de los usuarios que alimentan los datos.

3.6. Revisión de la interfaz del LIBDBI-WEB para hacerla más amigable para los usuarios que alimentan los datos.

4. Metodología y procedimientos de trabajo para la comunidad de desarrolladores que apoyen la BVS

4.1. Articular la comunidad de desarrolladores en un proyecto de software libre más abierto alrededor de este proyecto.

4.2. Revisión del espacio de la red desarrolladores (http://wiki.reddes.bvsalud.org/index.php/Portada) y propuesta de colaboración para el desarrollo de la nueva arquitectura de software de la BVS y revisión del alineamiento de las herramientas con los conceptos del software libre.

5. Inventario de proyectos y soluciones desarrollado por INFOMED e Infomed 2.0

6. Revisar montaje del espejo en BIREME del Portal de INFOMED y de la BVS

7. Revisión de las herramientas de Bireme

7.1. Revisar el futuro desarrollo de software del LIS, definición de alineamiento con las nuevas herramientas propuestas.

7.2. Revisar el futuro desarrollo de software de SCIELO, definición de alineamiento con las nuevas herramientas propuestas de la iniciativa de de exportación a SCIELO desde OJS.

7.3. Revisar los temas pendientes en la interfaz de la IAH:

7.3.1.Los calificadores necesarios para realizar búsquedas más precisas no aparecen en la versión que se distribuye.

7.3.2. Al realizar una consulta al índice de descriptores, en la opción que se entrega a los países sale un índice general alfabético, en la interfaz que usa LILACS aparece el permutado lo que facilita la recuperación.

7.3.3. En el formato de presentación de las referencias, cuando se selecciona la opción de citación, esta no coincide con la de LILACS, ni tampoco con la de MEDLINE que si es Vancouver.

7.3.4. Las opciones de envío de la bibliografía recuperada no son las mismas, siendo las de LILACS más amplias, por ejemplo permite enviar por email, exportar a formato RIS que es tan importante entre otras.

7.3.5. Error en La versión del IAH en Apache 2 y con PHP 5, sino se elimina el fichero index.htm que se encuentra en \iah-packet\htdocs\iah emite el sgte error: iAH error | aplication definition file | unable to open /srv/iah/htdocs/iah/index.htm/iah.def Check the instalation process and the call to iAH.

Sugestões de BIREME

Para todas sugestões seria interessante termos depoimentos de BIREME e de Infomed, sempre que possível e apropriado.

  • WordPress
    • Utilização e integração no contexto da BVS
    • Desenvolvimento de plug-ins
    • Conteúdo multi-língue
  • OpenTrials
    • Contexto e escopo do projeto
    • Metodologia de especificação por casos de uso
    • Uso do Trac para documentar e monitorar o progresso do desenvolvimento
    • Visão geral da arquitetura e funcionalidade do sistema
  • CouchDB
    • Migração de bases ISIS
    • Novos projetos com CouchDB
  • ISIS
    • Situação atual da plataforma ISIS
    • ISIS-NBP: novos rumos
    • ISIS-DM: foco de atividade principal no ISIS-NBP
  • DSpace
    • Como a BIREME está incorporando essa tecnologia nova (nova para nós)
  • IAHx e SOLR
    • novidades recentes do IAHx
    • avaliação do ElasticSearch, outro motor de busca baseado em Lucene
  • Python
    • porque estamos usando esta linguagem ao lado de PHP e Java
    • frameworks Web: Django e Pyramid

Questões

  • BVS
    • se fossemos desenvolver a BVS sem nenhuma ferramanta, como faríamos?

BVS Site

  • no é compatível com CMSs e não tem sustentabilidade, altos custos de friccion
    • não funciona a RedDes
    • qual é a proposta de Infomed
      • instâncias de BVS sobre vários CMS

Interfaces

  • interoperabilidade
  • mapeamentos DC, LILACS, MARC, XML para SOLR
    • existem trabalhos anteriores ao atual sobre mapeamento LILACS -> DC

Indexação e meta-busca

Meta-dados

  • elementos núcleo e extendidos
  • DC, LILACS, micro-formatos, RDF

Bases de dados

  • futuro do ISIS
  • CouchDB
  • migração
  • LILDBI-Web

Arquitetura

  • conceber modelo de referência, uma arquitetura mais explícita
    • ex: Federal Enterprise Architecture Reference Model
  • orientar no sentido de agregar mais valor estratégico
  • arquitetura orientada a serviços (ex. infomodulos, CWIS como fonte genérica de informações)

Soluções genéricas

Para atender rapidamente demandas de vários tipos:

Softwares que Infomed usa

  • Notícias, portais: WordPress e Drupal
  • Repositórios: CWIS (ex. LeyesRef, LIS, Directorio de Expertos), EPrints (para teses)
  • Livros: Greenstone
  • Revistas: OJS
  • Eventos: OCS
  • Enlaces: Scuttle, CWIS (LIS)
  • Wiki: MediaWiki (multi-instancia)
  • Galeria de imagens: Gallery 2
  • Video: BigBlueButton com interface Django para gestão
  • Visualização: Tableau http://www.tableausoftware.com/public
  • Web Crawler: Apache Nutch http://nutch.apache.org/

Matriz de Herramientas y servicios de infomed

Herramientas \ Servicios
Agredadores de Constentos
Noticias
Repositorios
Livros
Revistas
Marcadores sociales (enlaces)
Construccion cooperativa de documentos(Wiki)
Galeria de imagens
Video
Eventos
Directorios
WordPress
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Drupal
X
X
 
 
 
 
 
 
 
 
 
EPrints
 
 
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Greenstone
 
 
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OJS
 
 
 
 
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Scuttle
 
 
 
 
 
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MediaWiki
 
 
 
 
 
 
X
 
 
 
 
Gallery 2
 
 
 
 
 
 
 
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BigBlueButton com interface Django para gestão
 
 
 
 
 
 
 
 
X
 
 
CWIS
 
 
X
 
 
 
 
 
 
 
X

Softwares que BIREME usa

  • Galeria de imagens: WordPress Nextgen plug-in

Sobre cada sofware

Necessario documentar:

  • limitações encontradas (ex. suporte a idiomas, escalabilidade, multi-sitios etc.)
  • plug-ins utilizados
  • patches

Decisões

Prioridades

  • Finalizar plug-ins para BVS-Site baseado em WordPress
    • Implantar na BVS Regional
  • Articular todas as demais iniciativas em torno da Arquitetura de Referência
  • Resolver o problema da busca integrada, com escopo regional e local

Arquitetura de Referência para ICTS

ICTS = Informação Científica e Técnica em Saúde

NIH Enterprise Architecture Repository (NEAR) http://enterprisearchitecture.nih.gov/

  • Listas de serviços, fontes, produtos, aplicativos, protocolos, esquemas de dados, metodologias, normas técnicas (ex. micro-formatos, Z39.50 Next generation, UNISIST Reference Manual for Machine Readable Bibliographic Data)
  • Matrizes mostrando a articulação entre estas listas
  • Diagramas

Princípios de arquietura

  • Referências: TOGAF, FEA, Architectura Infomed
  • Repositório de arquitetura

Novo BVS-Site

  • foco no WordPress, em conjunto com Infomed
    • equipe BIREME: Vinícius, Ricardo, Ramalho, +1 (Moacir)
  • mecanismo de instanciação
    • instâncias locais ou centrais (cloud) X regionais, nacionais, temáticas
  • portal regional deve migrar para esta plataforma

Uso do WordPress para BVS-Sites

Infomed
  • criar organização Infomed em GitHub, responsável: Victor, 15/ago
  • subir cada info-modulo (Drupal, WordPress) para um repositorio individual no GitHub, Yazna, 15/set
  • terminar plug-in de CWIS para Web services XML-RPC, Haddid, 15/set
  • elaborar proposta de tema
BIREME
  • criar Wiki do projeto no GitHub: Vinicius, Luciano, 5/ago
  • Unificar a lista de discussão do RedDes com a de colaboradores técnicos da BVS(reddes.bvs-tech@listas.bireme.br): Mori, 5/ago
    • obter lista de desarrolladores de Infomed com Victor

Uso do CWIS

  • infomed o utiliza para vários serviços
  • o único caso em que o CWIS não atendeu como repositório foi para um repositório de teses em que o ePrints foi selecionado por suportar a indexação dos documentos enviados
  • Maristela Takeda e Haddid vão coordenar estrutura de metadados entre Telessaúde Recursos Educacionais e Campus Virtual de Saúde Pública (30/setembro)
  • Em BIREME o desenvolvedor Moacir Moda vai apoiar Maristela
  • LeyesRef é um projeto que hoje não tem ferramenta funcional porém Cuba utiliza hoje o CWIS; definir com gerentes de BIREME se este é um bom candidato para próximo desenvolvimento CWIS
  • Criar uma instância teste para avaliação de criação de metadados para o leisref

Interoperação de CMS

  • Victor demonstrou o info-módulo info-wordpress (plug-in) que permite criar caixas e blocos de conteúdo recuperados de outras instâncias de WordPress, selecionados por filtros, e descreveu outros info-módulos
  • Para o desenvolvimento do BVS-Site WordPress, Infomed e BIREME passarão a usar conjuntamente um repositório público (ver RedDes 2.0)

RedDes 2.0

  • criar novo portal RedDes baseado em WordPress
  • migrar repositórios para git
  • criar plug-ins WP para consumir WebServices git

Bases de Dados Documentais

  • faremos uma prova de desempenho do CouchDB com XML de Medline
  • plano de integração:
    • em BIREME: criar uma instância de CouchDB que recebe periodicamente resultados do processamento ISIS e a partir daí oferece Web services
    • em Infomed: integrar várias bases e fazer a busca sobre o CouchDB
  • BIREME vai auxiliar Infomed na avaliação do ISIS-DM

Estratégia para LILDBI-Web

  • ex: algo como "Zotero" (plug-in de Firefox para administrar bibliografias)

SECs

  • BIREME: SECS
  • Infomed: SeCiMed (exporta para SECS)
  • BIREME vai se SeCiMed pode ser usado no lugar do SECS

IAHx e busca

  • Infomed e BIREME investigarão o uso de Elastic Search com iAHx para aumentar a escalabilidade e a flexibilidade em instalações com vários sítios distintos

Agenda

Lunes

25/jul Atividade Temas Responsáveis
10h00 - 10h15 Abertura Boas vindas e macro-objetivos da reunião Diretor Pedro Urra
10h15 - 10h30 Apresentação Participantes se apresentam (o que fazem, seus interesses) Todos os participantes
10h30 - 11h00 Discussão Revisão e ajuste da agenda Todos os participantes
11h00 - 11h15 Intervalo Café, biscoitos, futebol etc. Todos os participantes
11h15 - 12h15
12h15 - 14h Almoço Tema livre Todos os participantes
00h00 - 00h00
00h00 - 00h00
00h00 - 00h00
00h00 - 00h00

Martes

26/jul Atividade Temas Responsáveis
00h00 - 00h00
14h00 - 17h00 Discussão Uso do WordPress como BVS-Site Vinicius, Ricardo, Ramalho, Carlos, Victor

Miércoles

27/jul (Miércoles) Atividade Temas Responsáveis
11h00 - 12h00 Apresentação OpenTrials e sua metodologia de desenvolvimento Luciano, Antonio
14h00 - 00h00 Demonstração Usos do CWIS em Infomed Carlos, Victor
00h00 - 00h00

Jueves

28/jul (Jueves) Atividade Temas Responsáveis
10h00 - 12h00 Apresentação IAHx e SOLR Vinicius
14h00 - 16h00 Visita SciELO Futuro desarollo de SciELO, plugin OJS Todos os participantes
00h00 - 00h00

Viernes

29/jul (Viernes) Atividade Temas Responsáveis
10h00 - 11h00 Apresentação Como a BIREME está incorporando o DSpace Mori, Rafael, Suely, Fabio, Heitor
00h00 - 00h00
00h00 - 00h00